E. coli TY2482: assolti anche i germogli di soia

La notizia del giorno, non inaspettata,  è che anche i germogli di soia, come i cetrioli spagnoli, sono stati assolti dall'accusa di essere stati il vettore di diffusione dell'epidemia.

Perché l'ipotesi germogli di soia, o qualsiasi altra verdura, è poco probabile è presto detto. Sul blog bacpathgenomics ecco cosa si legge:

[...] the consensus is emerging that the German outbreak strains are an enteroaggregative E. coli (EAEC, similar to Ec55989 causing diarrhea in children in Africa), which has acquired a Shiga toxin phage. Best evidence for this is David Studholme’s comparison of the novel genomes to all available E. coli genomes

ovvero,  il batterio in questione sarebbe un E. coli che ha acquisito (per via di trasferimenti genici orizzontali) la tossina Shiga. La domanda di rigore allora è: come è arrivato questo batterio sui germogli di soia di un'azienda biologica? attraverso quale tipo di contaminazione? il contatto con animali? (finora il batterio non è stato trovato in animali) una contaminazione ambientale?

Come fatto notare in un bell'articolo sul Guardian, finora ha ricevuto poca attenzione il fatto che questo batterio è resistente a più tipi di antibiotici. Questo dovrebbe far suonare un campanello d'allarme sull'uso eccessivo che si fa di questi farmaci sia in medicina che nell'agricoltura.
Tra le notizie dell'epidemia questo aspetto sta passando sotto traccia perché la cura di infezioni causate da E. coli non prevede l'uso di antibiotici, perché questi causano il rilascio di tossine che peggiorano i sintomi .
E' però significativo il fatto che i serotipi O104:H4 e i più diffusi O157:H7 sono raramente resistenti, e ancora più rilevante è il fatto che i fattori che determinano la resistenza agli antibiotici sono in rapida diffusione da almeno un decennio e il loro passaggio a questo ceppo dimostra come siano in grado di passare da un organismo all'altro una volta emersi.

E. coli TY 2482: germogli di soia e altre ipotesi

In Bassa Sassonia i test hanno individuato, pare per la prima volta, un prodotto che è stato fornito in tutte le località in cui si sono verificate vaste infezioni di E. coli. Quale prodotto? i germogli di soia, che già alcuni anni fa erano stati causa di un'epidemia analoga in Asia.
Il sospetto è che la causa della contaminazione sia nella scarsa igiene nell'azienda che li ha prodotti o in qualche negozio o mercato. Intanto la storia del germogli di soia si sta diffondendo.

In attesa di trovare le prove definitive che colleghino i germogli di soia all'epidemia, alcuni esperti avanzano un'ipotesi alternativa, e che cioè l'agente patogeno possa essersi sviluppato in un impianto per la produzione di biogas. Secondo Bernd Schottdorf, direttore di uno dei più grandi laboratori medici privati europei, nei fermantatori si verificano degli incroci tra batteri, e cosa realmente succeda è qualcosa di largamente inesplorato.

E. coli TY2482: prime ipotesi sull'origine

Ancora mistero sull'origine del nuovo batterio ma si stanno facendo prime ipotesi, cetrioli spagnoli a parte.

Uno studio caso-controllo su pazienti di sesso femminile e donne in buona salute, condotto dagli epidemiologi del Robert Koch Institute, ha rivelato che le donne malate, rispetto a quelle sane, sono state maggiormente esposte al consumo di verdura (pomodori, cetrioli e insalata) prima di contrarre la malattia; eventualmente quale verdura sia responsabile non è però del tutto chiaro.

Quindi ortaggi e legumi freschi sono ancora il principale indiziato, anche se Flemming Scheutz, direttore del WHO Collaborative Centre - il centro di riferimento per l' Escherichia coli - dubita che i batteri possano aver avuto origine nella catena alimentare. La semplice osservazione che fa, è che si tratta di un ceppo mai trovato negli animali, e quindi è possibile che tragga origine direttamente dall'ambiente.

Ipotesi per il momento cautamente avvalorata anche dai microbiologi della Libera Università di Berlino. Infatti oltre ai geni di resistenza agli antibiotici, il batterio contiene un gene per la resistenza al biossido di tellurio. Gli ossidi di tellurio sono agenti antimicrobici che storicamente sono stati utilizzati contro malattie come la lebbra e la tubercolosi prima dell'arrivo degli antibiotici. Alcuni ceppi di batteri hanno sviluppato resistenza durante gli anni del loro utilizzo in medicina ed anche dopo con il loro l'impiego nelle industrie minerarie e nell'elettronica.

Allora, quale sarebbe la fonte? Secondo i microbiologi tedeschi queste caratteristiche di resistenza del ceppo potrebbero far pensare, come fonte ambientale, all'acqua o al suolo.

E. coli TY 2482: il nuovo super batterio

Nuovo e super-tossico questa è la descrizione sintetica del batterio che ci sta tenendo col fiato sospeso. Il nome E. coli 2482 TY gli è stato dato dai genetisti cinesi che lavorano con microbiologi dell'Università di Amburgo ed hanno sequenziato il suo genoma.
 In sintesi, le infezioni di cui stiamo leggendo sui giornali sono causate da un ceppo di Escherichia coli completamente nuovo super-tossico.


A causare le epidemie più gravi di E. coli enteroemorragica è di solito il serotipo O157:H7. L'agente patogeno isolato invece proviene dal serotipo O104, molto più raro, che ha una diversa distribuzione dei soggetti a rischio: maggiormente (a rischio) gli adulti e in particolare le donne. Ma questo nuovo serotipo sarebbe la miscela di almeno due ceppi di E. coli. Uno è solo un lontano parente dei patogeni di E. coli entemorragica. Nel genoma i ricercatori hanno individuato un 93% di Escherichia coli enteroaggregative, un altro agente patogeno di E. coli. La restante parte di genoma deriverebbe apparenetemente da un agente Escherichia coli enteroemorragico. Si sospetta anche un trasferimento genico laterale, cioè l'acquisizione di un gene o di una pozione di DNA direttamente da un altro organismo (nel caso, di proteine per la colite emorragica e la sindrome emorragica uremica)

Ancora una volta, chi avrebbe mai sospettato che un nuovo superbatterio sarebbe stato una varietà del comunissimo Escherichia coli?

E. coli: i numeri del contagio.

Iniziamo subito dicendo che per il momento la fonte di questa rara forma di Escherichia coli  (E.coli) rimane un mistero, mentre il numero di casi continua a salire.

Numeri: eccoli. I giornali e i servizi news citano 1500 casi e 17 morti.
I dati ufficiali  della Commissione Europea (CE) in un comunicato del 31 maggio sono di 1245 casi e 10 morti in 9 paesi, di cui la maggiorparte in Germania. Ci sono poi 399 casi di sindrome emolitico-uremica (SEU), la malattia renale a decorso potenzialmente fatale associata ad alcune infezioni di E. coli.
Il Robert Koch Institute tedesco parla di 470 casi di SEU con 9 casi fatali, in accordo con la Commissione Europea per la quale ci sono 9 morti in Germania e un decimo caso in Svezia.

Dei 1245 casi elencati dalla CE, 1169 sarebbero in Germania, 41 in Svezia, 14 in Danimarca; gli altri casi sarebbe suddivisi tra l'Olanda, la Francia, UK, Austra e Svizzera. La Spagna, indicata inizialmente come paese di provenienza della contaminazione, ha un solo caso.

Tanto per complicare un po' le notizie, Phillip I. Tarr, esperto di SEU alla Washington University School of Medicine di St. Louis, afferma che ad oggi però non è chiaro quanti dei casi di SEU segnalati in Europa sono davvero tali. Il fatto che ci siano dei casi mortali chiaramente indica che i casi gravi si stanno verificando ma al di là di questa constatazione non è chiaro quanti pazienti rientrino nella definizione di SEU sulla base dei test di laboratorio utilizzati per questa diagnosi. Un altro aspetto poco chiaro è quante persone sono realmente infette: non si sa quanti pazienti sono stati sottosposti a test diagnostici appropriati.

Qualcosa di più sulle ipotesi di origine dell'epidemia nei prossimi post.

+ Commissione Europea
+ Robert Koch Institute
+ Eurosurveillance